The Adventure

Początek Pokemon Generations zaczyna się od znanego intro z pierwszych serii gier na konsolę Game Boy. Protagonista łapie w Viridian Forest Pikachu. Następnie widzimy jego podróż przez krainy, od Kanto po Kalos, pojawia się tam zawsze jeden z legendarnych Pokemonów z danego regionu.

The Chase

Detektyw Looker dowodzi podczas akcji wkroczenia policji do Gymu w Viridian City, przy pomocy Pokemonów dostają się do środka, ale przybywają za późno. Giovanni po walce z dwoma trenerami oddalił się z sali i obserwuje wydarzenia z pobliskiego wzgórza.

The Challenger

Główny rywal znany z gier wkracza do Ligi, by stać się najlepszym trenerem. Pokonuje wszystkich członków Elite Four i staje przed aktualnych championem, Lancem. Pokonuje go, lecz długo nie cieszy się tytułem, w drzwiach pojawia się protagonista znany z gier.

The Lake of Rage

Lance infiltruje kryjówkę Team Rocket w mieście Mahogany Town. Stara się rozwiązać tajemnicę czerwonego Gyaradosa. Przy pomocy potężnego Dragonite’a przedziera się do wnętrza kryjówki i pokonuje przeciwników. Maszynę Zespołu R zasilają Electrode, które zostają uwolnione.

The Legacy

Detektyw Looker po rozwiązaniu sprawy Zespołu R, który przeją kontrolę nad stacją radiową w Goldenrod City, przesłuchuje przeciwnika znanego z drugiej generacji gier. Jest on synem Giovanniego i może on pomóc go ująć, niestety nie posiada on informacji przydatnych detektywowi.

The Reawakening

Naukowiec Eusine odwiedza wieżę w Ecruteak City. Chce rozwiązać tajemnicę legendarnych Pokemonów (Suicune, Entei i Raikou), które zostały wskrzeszone przez Ho-oh’a po pożarze wieży. Ostatecznie ukazuje mu się Suicune, który znika po krótkiej chwili.

The Vision

Bohater z regionu Hoenn stara się powstrzymać Team Magma, wraz z towarzyszącym mu Sceptilem przedziera się przez ich bazę. Ostatecznie przybywa za późno.u00a0

The Cavern

Archie, lider zespołu Aqua stara się obudzić Kyogre. W głębi jaskini nie wszyscy członkowie są pewnie co do ich planu. Lecz przy pomocy Blue Orb lider budzi Primial Kyogre, potężną bestię, nad którą nie można zapanować. Światu grozi całkowite zatopienie.

The Scoop

Dziennikarka Gabby stara się nielegalnie pozyskać nagranie walki, która miała miejsce w przestrzeni kosmicznej. Ogląda wraz z kamerzystą zapis, gdzie trener w towarzystwie Mega Rayquazy stawia czoło Deoxysowi. Po zaciętej walce ostatecznie triumfują, a bohater łapie Pokemona w Ultra Balla. Dziennikarze zabierają pendrive z nagraniem.

The Old Chateau

Cheryl i jej Pokemon Chansey odnajdują zamek w lesie Eterna Forest. Nie zdają sobie sprawy z tego, że jest nawiedzony. Początkowe iluzje są przyjemne, lecz z upływem czasu Haunter bawi się ich strachem.u00a0

The New World

W ruinach Spear Pillar, Cyrus, lider Team Galactic chce stworzyć nowy świat. Pojawia się Dialga, Palkia i Giratina. Pokemon duch przenosi go w Distortion Wolrd. Jest to równoległy wymiar, który jest pierwotnym domem tego niezwykłego stworzenia.

The Magma Stone

Niedobitki Team Galactic pod przywództwem Charona starają sięobudzić Heatrana, który przebywa w środku góry Stark Moutain. Ostatecznie jego plany zostają pokrzyżowane przez Bucka i Detektywa Lookera.

The Uprising

Spod ziemi wyłania sięsiedziba Team Plasma. Cały region Unova jest zagrożony. Wszyscy liderzy z sal Pokemon jednoczą siły by stawić im opór i ocalić świat.

The Frozen World

Lider Sali w Opelucid City musi bronić miasto przed Team Plasma. Gdy wydaje się, że wygrywa, Corless używa swojej tajnej broni i całkowicie zamraża miasto.

The King Returns

Ghestis przy pomocy Kyurema chce pokryć lodem cały świat, na jego drodze staje N. Gdy N zostaje zaatakowany na pomoc przybywa mu tajemniczy bohater wraz z Zerkomem.

The Beauty Eternal

Lysandre wygłasza swoje przemówienie na konferencji prasowej. Demonstruje również najnowsze wynalazki. Jednak ludzie nei spodziewają się, że szef Lysandre Labs skrywa mroczny sekret.

The Investigation

Detektyw Looker stara się złapać złodzieja znanego jako Essentia. Dzięki pomocy Espurra domyśla się, że jest nim Emma. Ostatecznie udaje im się ją uratować, gdyż jest ona zmuszona do wykonywania poleceń. Po zniszczeniu kostiumu wraca do zdrowia.

The Redemption

Nowy champion regionu Kalos zostaje wyzwany na pojedynek przez AZ’a. Jest to były król tego regionu. Podczas pojedynku, matka opowiada córce o wojnie Pokemon, w które AZ brał udział wraz ze swoim przyjacielem Floette. Jest to ostatni odcinek serii Pokemon Generations.